Общий контроль за деятельностью учебно-научного Центра осуществляется Министерством общего и профессионального образования, Российской академией наук, дирекцией Федеральной целевой программы "Государственная поддержка интеграции высшего образования и фундаментальной науки на 1997-2000 год".
Текущий контроль за деятельностью Центра осуществляет Совет и Дирекция Центра.