Любая из организаций может выйти из состава Центра, выполнив свои обязательства по Государственному контракту или договору, письменно уведомив об этом остальных участников не менее чем за шесть месяцев.
Центр прекращает свою деятельность по решению Совета центра или по решению Совета программы "Государственная поддержка интеграции высшего образования и фундаментальной науки на 1997-2000 год".