Организации-учредители Центра участвуют в его работе как самостоятельные юридические лица.
В своей деятельности Центр руководствуется законодательством Российской Федерации, "Законом о высшем и профессиональном образовании", Законом о науке и технической политике, нормативными актами Министерства общего и профессионального образования Российской федерации и Российской Академии наук, Уставами  и положениями организаций, входящих в состав ННЦ "Фундаментальная радиофизика", установками Федеральной целевой программы " Государственная поддержка интеграции высшего образования и фундаментальной науки на 1997-2000 год".
Основная часть средств для финансирования учебной и научно-исследовательской деятельности участников проекта поступает из бюджетных и внебюджетных источников (гранты, программы, хоздоговорные НИР). Финансирование, обеспечиваемое ФЦП "Интеграция", целенаправленно используется для развития интеграционных процессов между академической наукой и высшей школой, по сметам, утверждаемым Советом Центра.
Стоимость работ, порядок расчетов, порядок выполнения, сдачи и приемки работ, права и обязанности сторон и другие условия по работам финансируемым из средств ФЦП "Интеграция" определяются Государственным контрактом, заключаемым с заказчиком - дирекцией центра интеграция и договорами между Головным исполнителем (ННГУ) и исполнителями.